Tullin toiminta Naantalissa päättyi
Suomen liittyminen Euroopan talousalueen jäseneksi vuonna 1994 ja Euroopan Unionin jäseneksi vuonna 1995 merkitsi sitä, että kaikkia maahan tulevia tavaroita ei enää tulliselvitetty ja tullattu. Naantalin tullikamarin tehtävät vähenivät ja 2000-luvun alussa toiminta lopetettiin kokonaan. Henkilökunta siirtyi Turun tulliin.